フリーランスと会社員の違いはたくさんあります。

まずは雇用形態について。
フリーランスは基本的には業務委託や請負契約のように、クライアントと仕事の契約を結ぶことで仕事を得ます。一方会社員は、企業と雇用形態を結ぶ形で仕事を得ます。
会社員の方が雇用契約なので、この契約が切れない限り仕事がなくなることはありません。しかしフリーランスは業務委託なので、1つのプロジェクトが終わればそこで契約は終了となり、また仕事を探す必要があります。自分で仕事を探す手間が増えるため、そこがフリーランスのデメリットといえるでしょう。
しかし、会社員は基本的に仕事を選べません。フリーランスは自分の好きな仕事を選ぶことができるため、そこに魅力を感じる人も多いです。

次に社会保障について。
フリーランスは基本的に自分自身で国民健康保険や国民年金に加入します。一方で、会社員は入社すれば自動的に健康保険や厚生年金保険、そして雇用保険などあらゆる保険に加入することになります。
フリーランスは雇用保険や労災保険(1部職種は除く)には加入できないので、保障の面で手厚いのはやはり会社員の方です。ただ今はフリーランス向けの保険も豊富にあるため、それらを利用すれば手厚いサポートを受けられるでしょう。

そしてやはり気になるのが収入に関してです。
フリーランスは自分で仕事を獲得しない限り収入を得ることができません。そのため、最初はほとんど収入がない状態でスタートしなければならないというデメリットがあります。
反対に会社員は、入社すれば自動的に仕事が割り振られるため、毎月決まった給料を手にすることができます。勤務する企業によってはボーナスなどの賞与も充実しているため、収入の安定性は会社員の方が圧倒的に有利です。
しかし高収入という面ではフリーランスのほうが夢があります。なぜなら、フリーランスは仕事をすればその分だけ収入が増えるからです。年収1000万円を超えているフリーランスも珍しくありません。
とはいえ、会社員であれフリーランスであれ、高収入を狙うのであれば自分のスキルが重要になります。そのためエンジニアの中でも求人や案件数が豊富な将来性の高い職種を選ぶことが、高収入への一歩となるでしょう

エンジニアとしてどのような働き方をするも個人の選択です。しかし、こうした違いがあるということはしっかりと知識として身につけておいた方が良いでしょう。